sciex和illumina 共同研發(fā)整合蛋白質(zhì)組學和基因組學
近，美國的三個研發(fā)機構(gòu)發(fā)布了分析和比較蛋白質(zhì)組學和基因組學數(shù)據(jù)的新應用，這些應用方法是oneomics項目的一部分。oneomics是illumina和sciex的合作項目。
為了消除不同組學之間的信息壁壘，oneomics項目將sciex基于新一代蛋白質(zhì)組學 的swath 采集系統(tǒng)和illumina公司基于basespace云計算的新一代測序數(shù)據(jù)相結(jié)合。advaita bioinformatics注：最小抗拉強度值不是鏈條的工作載荷公司、系統(tǒng)生物學研究所和耶魯大學的研究人員也在采用swath蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)開發(fā)云技術對與國內(nèi)實驗機廠家來講的應用程序和數(shù)據(jù)庫。
系統(tǒng)生物學研究所副教授rob moritz帶領團隊開發(fā)了swathatlas ion library gen飛機減重能夠節(jié)省燃料本錢erator應用程序，它提供了快捷進入isb數(shù)據(jù)庫的方法，為具有swath采集系統(tǒng)的ngp服務。目前，isb數(shù)據(jù)庫已經(jīng)包括了人、酵母和結(jié)核桿菌蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫。我們很高興成為sciex和illumina合作項目的一部分， moritz說，isb和整個學術界開發(fā)的這些應用程序提供了一個強大的解決方案，這不僅給蛋白質(zhì)組學研究道路帶來很大影響，而且將會建成系統(tǒng)生物學數(shù)據(jù)系統(tǒng)。
advaita公司為basespace平臺研發(fā)了ipathwayguide分析包。該應用分析包可以用作生化途徑分析、go分析、mirna預測、藥物和疾病分析。它簡化了從整合蛋白質(zhì)組學、轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)庫尋找生物數(shù)據(jù)的過程，并將有助于推進生物標志物的發(fā)現(xiàn)和疾病研究。
耶魯大學的chris colangelo和rob kitchen共同為basespace平臺開發(fā)了rnaseq應用程序。這個應用程序能將一個illumina的rnaseq實驗數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為一種蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)組，得到的數(shù)據(jù)可以為建立sciex swathtm采集系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫。因此，它是一個更有針對性的蛋白質(zhì)組學分析方法，這對某特殊疾病的遺傳學研究者來說非常有用。這一系列工作流程是系統(tǒng)生物學研究的普通需求，但直到現(xiàn)在只有少數(shù)專業(yè)的實驗室能滿足這些復雜的生物信息學條款。
swathtm采集系統(tǒng)使研究人員能夠準確、多次的從成百的樣品中定量數(shù)以千計的蛋白質(zhì)，從而得到在不同環(huán)境刺激下蛋白質(zhì)組的變化等非常有意義的結(jié)論。 sciex公司的理論與臨床研究業(yè)務總監(jiān) aaron hudson說，下一步是將得到的這些蛋白質(zhì)組學的結(jié)論與基因組學和轉(zhuǎn)錄組學等其他組學的結(jié)論整合在一起。此項目的三家合作機構(gòu)isb、耶魯大學和advaita bioinformatics公司都推出了免費的應用程序，這些應用程序?qū)Υ斯ぷ鞣椒ǖ纳钊雽嶒炇液苡袔椭?，同時也鋪設了通向橫跨生命科學中兩大領域的標準化數(shù)據(jù)分析的道路。
編譯：郭浩楠