關(guān)于溫度梯度pcr和降落pcr的區(qū)別：
溫度梯度pcr是指在退火溫度不太明確時(shí)，為了找到優(yōu)退火溫度，在一臺(tái)pcr儀上同時(shí)做多管pcr，每一管放在儀器內(nèi)不同列（有的是不同行）上，分別進(jìn)行pcr（如50℃~60℃可以分6管，分別為50，52，54，56，58，60度），最后看看哪個(gè)溫度的效果好?？傊怯脕磉M(jìn)行退火溫度優(yōu)化的。
降落pcr是在同一個(gè)pcr管內(nèi)進(jìn)行pcr，只是每個(gè)循環(huán)的溫度不同（如每個(gè)循環(huán)降1度）。一般兼并引物用這種方法多些。
降落pcr（touchdown pcr），一種pcr技術(shù)：
設(shè)計(jì)多循環(huán)反應(yīng)的程序，以使相連循環(huán)的退火溫度越來越低。由于開始時(shí)的退火溫度選擇為高于估計(jì)的tm值，隨著循環(huán)的進(jìn)行，退火溫度逐漸降到tm值，并最終低于這個(gè)水平，用于確保第一個(gè)引物—模板雜交事件發(fā)生在最互補(bǔ)的反應(yīng)物之間，即那些產(chǎn)生目的擴(kuò)增產(chǎn)物的反應(yīng)物之間。盡管退火溫度最終會(huì)降到非特異雜交的tm值，但此時(shí)目的擴(kuò)增產(chǎn)物已開始幾何擴(kuò)增，在剩下的循環(huán)中處于滯后（非特異）pcr產(chǎn)物的地位。
由于目標(biāo)是在較早的循環(huán)中避免低tm值配對(duì)，在td—pcr中好應(yīng)用熱啟動(dòng)技術(shù)。設(shè)計(jì)時(shí)，退火溫度的范圍應(yīng)跨越15℃左右，從高于估計(jì)tm值至少幾度到低于它10℃。
例：一對(duì)沒有簡并的引物—模板的計(jì)算tm值為62℃。
則：從65℃—>50℃（每2cycles降退火溫度1℃），再在50℃退火溫度下做15個(gè)循環(huán)。
實(shí)驗(yàn)中如持續(xù)出現(xiàn)假象帶（雜帶），則是因?yàn)槠鹗纪嘶饻囟忍?，或目的擴(kuò)增產(chǎn)物和非目的產(chǎn)物的tm值相差無幾，或非目的擴(kuò)增物以更高的擴(kuò)增效率擴(kuò)增，可把退火溫度每降低1℃所需的循環(huán)數(shù)增加到3或4。