進口跨境電子商務的運營成本主要包括營銷成本、稅務成本、物流成本(采購成本、倉儲成本以及訂貨成本)等。而庫存管理的優(yōu)劣，對于跨境電商采購成本、稅務成本、物流成本、倉儲成本和訂貨成本都有較大的影響。
出口跨境電商的運營成本主要包括以下內容。
(一)平臺的費用
1.入駐費用:不同平臺的不同類目的入駐費用有所不同，基本年費都在1萬以上。有些平臺(如ebay平臺)稱為上架費用，有些平臺(如亞馬遜)稱為平臺費用，類似于月租費。
2.成交費用:如速賣通是按每筆成交額的5%收取，而亞馬遜是按成交額的8%~15%比例收取，其他的平臺也有相應的收取規(guī)則。
3.平臺的推廣費用:速賣通有直通車，跟淘寶的直通車類似。其他的像亞馬遜，也有一些付費的推廣。
4.其他費用。
(二)站外引流推廣費用
這一點可參考其他書籍或資料，對于一些中小賣家來說，先做好站內流量就已經足夠了。
(三)外幣結匯損失的費用
跨境電商大多數(shù)以外匯(如美元、英鎊、歐元等)結算，這些匯率每天都有變化，這一方面的結匯損失也要計入成本。
(四)人工成本、辦公用地成本
每個企業(yè)中成本最高的應該算是人工成本了，在跨境電商企業(yè)中同樣存在。
(五)運輸物流成本
跨境電商與國內電商的區(qū)別除了面向的用戶群體不一樣之外，最大的區(qū)別就在于國際物流。所以，后面部分將著重分析物流成本。